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  1. 檜垣 匠 (2020) 「バイオイメージングの近代史」 建築雑誌 135: 11.
  2. 檜垣 匠 (2019) 「気孔画像データベースLIPSの拡充」 植物科学の最前線(BSJ-Review) 10: 78-84. DOI: 10.24480/bsj-review.10b5.00158
  3. 檜垣 匠、栗原(大窪) 恵美子 (2019) 「画像解析技術を活用した”観て測る”植物科学」 植物科学の最前線(BSJ-Review) 10: 49-50. DOI: 10.24480/bsj-review.10b1.00154
  4. 桧垣 匠、岡部 弘基 (2016) 「生命科学分野の細分化と再編成: バイオイメージングのこれから」 バイオイメージング 25: 7-8.
  5. 馳澤 盛一郎、湖城 恵、秋田 佳恵、桧垣 匠 (2015) 「細胞板形成における細胞骨格機能のイメージング解析」 植物の生長調節 50: 50-56.
  6. 桧垣 匠 (2014) 「植物の孔辺細胞をモデルとした蛍光タンパク質の統計的局在解析」バイオイメージング 23: 6-10.
  7. 朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎 (2013) 「植物細胞から医用画像解析まで」臨床検査 57:702
  8. 松永 幸大、朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎 (2013) 「生物医学画像の自動分類を可能にした能動学習型ソフトウェアCARTA」情報管理 56:217-221
  9. 桧垣 匠、秋田 佳恵、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 (2013) 「Walking on leaf: 葉表皮細胞の輪郭抽出と形態計測」バイオイメージング 22: 10-16.
  10. 朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎、松永 幸大 (2012) 「バイオ画像の自動分類のための能動的な学習技術 CARTA 」細胞工学 31: 1372-1373.
  11. 桧垣 匠 (2012) 「福島第一原子力発電所事故に伴うタケ・ササ植物の放射性セシウム汚染」東京大学アイソトープ総合センターニュース 43: 10-14.
  12. 朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎 (2012) 「細胞壁の形成に関わる表層微小管の画像解析とシミュレーション」生物の科学 遺伝 66: 34-39.
  13. 桧垣 匠、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 (2011) 「顕微鏡画像の定量評価と自動分類から気孔開閉運動の仕組みを探る」生物の科学 遺伝 65: 80-85.
  14. 朽名 夏麿、桧垣 匠 (2008) 「連続共焦点像からの立体再構築: 細胞内構造の解析のために」バイオイメージング 16: 3-7.


  1. 永野 惇、桧垣 匠「PhotoBook植物細胞の知られざる世界」(2010)化学同人


  1. (日本)特許第4688954号,(米国)US 8260063-B2「特徴量選択方法、特徴量選択装置、画像分類方法、画像分類装置、コンピュータプログラム、及び記録媒体」平成20年4月18日出願、平成23年5月25日登録、全発明者氏名:馳澤 盛一郎、朽名 夏麿、桧垣 匠、松永 幸大、内山 進、真庭 理香、アーニ・エグナ・ガンベ、福井 希一


  1. 桧垣 匠「定量的画像解析に基づく植物細胞骨格の研究」日本植物学会奨励賞(2017年4月15日)
  2. 桧垣 匠 “Quantitative cell biology of plant stomata” Young Scientist Travel Award, Bioimaging Society (2017年4月7日)
  3. 桧垣 匠「生細胞イメージングと画像情報処理による細胞骨格・オルガネラの動態解析」日本バイオイメージング学会奨励賞(2013年9月15日)
  4. 桧垣 匠、秋田 佳恵、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎「葉表面の細胞輪郭抽出と細胞間信号伝達系の数値実験」日本バイオイメージング学会ベストイメージ・晝馬賞(2012年8月28日)
  5. 桧垣 匠「アクチン繊維の生体可視化と画像情報処理による細胞形態形成・制御機構の解析」日本植物学会若手奨励賞(2009年5月23日)
  6. 桧垣 匠 “Live cell imaging studies on actin-based plant cell morphogenesis” 東京大学大学院新領域創成科学研究科博士論文特別賞(2009年3月23日)
  7. 桧垣 匠 科学技術振興会(小玉財団) 小玉記念科学賞(2004年3月)


  1. 日本植物学会第82回大会シンポジウム「“観る”から“観て測る”の植物科学へ:画像解析の基礎から定量フェノタイピングの現場まで」, 広島, 2018年9月
  2. The 1st IROAST Symposium 「Plant Cell and Developmental Biology: Approaches to Multiscale Biosystems」, 熊本, 2017年11月
  3. 第24回日本バイオイメージング学会学術集会シンポジウム「No Division, No Life. ~動物と植物の細胞分裂イメージング最前線~」, 東京, 2015年9月
  4. 第56回日本植物生理学会年会 シンポジウム「植物細胞壁の形成と維持のダイナミズム」, 東京, 2015年3月
  5. 新学術領域研究「植物細胞壁の情報処理システム」主催シンポジウム 文部科学省科学技術週間イベント「寄生・共生インシデント ~異種生物共存の現場で何が起きているか~」, 東京, 2014年4月
  6. 日本植物学会第74回大会シンポジウム「画像情報から植物を定量的に捉える」, 愛知, 2010年9月


  1. 「生物画像の定量・分類・認識」檜垣 匠 第67回日本生態学会大会シンポジウム「植物フェノタイピング:表現型データの定量化,モデル化とその自動化をもう一度考える」(オーガナイザー:野下 浩司(九州大学)) 2020年3月
  2. Three-dimensional imaging and morphometry of large vacuole regeneration in plant cultured cells. Takumi Higaki Workshop in the 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan “The vacuole/lysosome; Where does it come from, how is it maintained and what does it do in the cell?”  (Organized by Yui Jin (Tokyo Institute of Technology, Yoko Kimura (Shizuoka University)) December, 2019
  3. 「電子顕微鏡画像解析による生物微細構造の検出と認識」檜垣 匠 公益社団法人日本顕微鏡学会第62回シンポジウム「AIを用いた顕微イメージングの将来~科学技術から物理化学,そして生命科学への貢献~」(実行委員長:秋元 義弘(杏林大学)) 2019年11月
  4. Plasma membrane delivery of H+-ATPse for stomatal response. Takumi Higaki Mechanisms of plant perception –from the endogenous to the exogenous– (Organized by Hardtke Christian (UNIL) September, 2019
  5. Bioimage clustering and classification. Takumi Higaki KAIST-KU Joint Symposium 2018 (Organized by Gou Young Koh (KAIST), Pilhan Kim (KAIST)) October, 2018
  6. Quantification and classification of bioimages. Takumi Higaki The 2nd IROAST&IRCMS Joint Seminar-The 33rd IROAST Seminar (Organized by Jun Ohtani, Hitoshi Takizawa) August, 2018
  7. 「葉表皮細胞のジグゾーパズル型形態形成」桧垣 匠 文部科学省委託事業AIMaP研究会「反応拡散系と実験の融合」 (オーガナイザー:栄伸一郎(北海道大学)、長山雅晴(北海道大学)) 2018年2月
  8. 「画像解析による細胞骨格束化の定量評価」桧垣 匠 先端バイオイメージング支援プラットフォーム 画像解析支援 公開セミナー (オーガナイザー:上野 直人(基礎生物学研究所)) 2018年1月
  9. Mathematical modeling approaches to jigsaw-puzzle pattern formation by plant cells. Takumi Higaki The 1st IROAST Symposium “Plant Cell and Developmental Biology: Approaches to Multiscale Biosystems” (Organized by Mitsuhiro Aida, Takumi Higaki, Takashi Ishida) November, 2017
  10. A strange link between leaves and skulls? A theoretical model of jigsaw-puzzle pattern formation by plant leaf cells. Takumi Higaki International Symposium on Imaging Frontier 2017 (Organized by Imaging Frontier Center (IFC), RIST, Tokyo University of Science) July, 2017
  11. 「細胞動態を理解するための画像解析とモデル解析」桧垣 匠 日本植物学会第80回大会シンポジウム「多様な植物現象を理解するためのイメージング 細胞内構造から環境応答まで 」 (オーガナイザー:金岡 雅浩(名古屋大学)、植田 美那子(名古屋大学))2016年9月
  12. Quantitative cell biology of plant stomata. Takumi Higaki Multi-scale Plant Phenomics (Organized by Dr. Koji Noshita) Sep, 2016
  13. 「細胞生物学が数値解析に見る夢」桧垣 匠 京都大学数理解析研究所研究集会 「現象解明に向けた数値解析学の新展開」(オーガナイザー:齊藤 宣一(東京大学))2015年11月
  14. 「画像解析による生物微細構造の認識」桧垣 匠 第6回 植物電子顕微鏡若手ワークショップ (オーガナイザー:豊岡 公徳(理化学研究所))2015年9月
  15. 「電顕画像における注目構造の自動検索法の開発」桧垣 匠、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 日本植物学会第77回大会・認定NPO法人綜合画像研究支援主催シンポジウム「新世代の画像情報が切り開く世界」 (オーガナイザー:鮫島 正純(認定NPO法人綜合画像研究支援)、大隅 正子(認定NPO法人綜合画像研究支援、日本女子大学))2013年9月
  16. 「細胞壁と頭蓋骨:パターン形成ダイナミクスの数理モデルによる統合的理解」三浦 岳、桧垣 匠 第46回日本発生生物学会年会 サテライトシンポジウム「植物の逆襲」(オーガナイザー:藤本 仰一(大阪大学)、三浦 岳(九州大学))2013年5月
  17. 「生物医学分野における画像クラスタリング解析の実際」桧垣 匠 バイオインフォマティクスとモデルに関するシンポジウム(オーガナイザー:澤 進一郎(熊本大学))2013年1月
  18. 「ImageJを用いた画像解析入門」朽名 夏麿、桧垣 匠 第167回農林交流センターワークショップ「植物科学・作物育種におけるフェノーム解析 ~だれでも使える画像解析入門から先端技術まで~」(オーガナイザー:土生芳樹(農業生物資源研究所))2012年11月
  19. 「気孔のイメージング解析」 桧垣 匠 新学術領域研究「植物高CO2応答」勉強会「気孔応答」 (オーガナイザー:射場 厚(九州大学))2012年10月
  20. 「可視化と数値実験による細胞外インテリジェント系の機能解析」 桧垣 匠、秋田 佳恵、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 日本植物学会第76回大会シンポジウム「植物の細胞外インテリジェントシステム」 (オーガナイザー:西谷 和彦(東北大学))2012年9月
  21. 「超短パルスレーザー加工による気孔開閉メカニズムの研究」桧垣 匠 第1回グリーンフォトニクスセミナー 超短パルスレーザー細胞プロセス研究会 (オーガナイザー:細川 陽一郎(奈良先端科学技術大学院大学))2012年4月
  22. 「孔辺細胞における細胞骨格動態の定量的イメージング解析」桧垣 匠、朽名 夏麿、佐野 俊夫、近藤 矩朗、馳澤 盛一郎 日本植物学会第72回大会シンポジウム「気孔の生物学」 (オーガナイザー :島崎 研一郎(九州大学))2008年9月


  1. 一般社団法人 日本植物生理学会 代議員 (2018年1月~現在)
  2. Frontiers in Plant Science, Associate Editor (2017年6月~現在)
  3. 日本バイオイメージング学会 評議員(2017年1月~現在)
  4. 日本バイオイメージング学会 ホームページ編集委員(2017年1月~現在)
  5. 日本バイオイメージング学会 和文誌編集委員 (2015年1月~現在)
  6. Frontiers in Plant Science, Guest Editor (2014年11月~2015年10月)
  7. 公益社団法人 日本植物学会 広報委員会副委員長 (2014年1月~2015年12月)



  1. 2018年8月17日掲載、熊本日日新聞、「植物の生命活動 可視化」
  2. 2016年11月22日掲載、朝日新聞朝刊、「花・葉は上に 根は下に ? どうやって? 受精卵のたんぱく質2種を観察」
  3. 2016年11月22日掲載、中日新聞朝刊、「植物受精卵 細胞分裂の仕組み確認 名大グループ」
  4. 2013年8月1日掲載、朝日新聞朝刊、「光合成フル回転 成長3割増 九大など成功 バイオ燃料増産に期待」
  5. 2012年9月7日掲載、科学新聞朝刊、「生物医学画像を自動分類 画像診断・高速・省力化に貢献」
  6. 2012年8月30日掲載、マイナビニュース、「JSTや東大など、生物医学画像を自動分類するソフトウェア「カルタ」を開発」
  7. 2012年8月29日掲載、朝日新聞デジタル版、「がん細胞の種類を画像から自動分できるソフトを開発」
  8. 2012年8月29日掲載、日経バイオテクOnline、「東京理科大と東大、国立がん研セが生物医学画像を自動分類する「カルタ」を開発、Nature姉妹紙に発表」
  9. 2012年8月29日掲載、日経バイオテク重要ニュース、「生物医学画像を自動分類する「カルタ」を開発、Nature姉妹紙に発表」
  10. 2012年8月29日掲載、日経産業新聞朝刊、「がん細胞の種類を画像から自動分類」
  11. 2012年8月29日掲載、日刊工業新聞朝刊、「大量画像を自動分類」


  1. 日本バイオイメージング学会公開講座「葉っぱと頭蓋骨の意外な関係桧垣 匠 東京都八王子市生涯学習センター 2017年9月18日
  2. 東京大学柏図書館 第15回サイエンスカフェ「植物細胞壁研究の今 ~壁ってかたい?やわらかい?」 桧垣 匠 東京大学柏図書館 2017年6月23日
  3. 科学技術館 サイエンス友の会 実験教室「葉っぱの赤ちゃんから大人まで桧垣 匠、工藤 光子 科学技術館 2015年5月10, 24日
  4. PhotoGallery植物細胞の知られざる世界 サイエンティストトーク 永野 惇、桧垣 匠 名古屋大学教養教育院プロジェクトギャラリー「clas」 2010年7月26日
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